Милый мышонок Стюарт сейчас живёт прекрасной жизнью с Литлами, человеческой семьёй, которая его усыновила. Стюарт сам себя отвозит в школу, строит модели самолётов, и играет в футбольной команде. Но он страстно желает завести друга своих размеров, и судьба улыбается ему, когда он встречает птичку по имени Маргало. Она рассказывает ему о том, что её терроризирует злой Фалкон, и, когда она вскоре после этого исчезает, Стюарт и кот Литлов, Снежок, отправляются в рискованное путешествие через Манхэттен, Нью-Йорк, чтобы найти её.